In het Instituutsoverleg zijn de Afdeling Straf- en Strafprocesrecht en de Afdeling Criminologie en Penologie evenredig vertegenwoordigd, en heeft ook een student zitting. Het Instituutsoverleg komt regelmatig bijeen om de lopende zaken te bespreken. Aan de orde komen o.a. de belangrijkste punten uit de vergadering van de wetenschappelijk directeuren, uit de vergaderingen van het onderwijsbestuur en onderzoekbestuur, en ook financiële zaken en personeelsaangelegenheden worden besproken. Er wordt een verslag van het overleg gemaakt, dat aan alle medewerkers van het instituut wordt rondgestuurd. 

Momenteel bestaat het Instituutsoverleg uit de volgende personen: 

Voorzitter   
Prof. mr. dr. E.R. Muller  

Leden  
Prof. dr. J.P. van der Leun
Prof. mr. C.P.M. Cleiren
Prof. dr. P. Nieuwbeerta  
Mr. G.K. Schoep
Mw. R.K. Rustige 

Student-lid
Sanne Kuypers